بررسی ساختار و تنوع ژنتیکی روباه معمولی (Vulpes vulpes) در شمال شرق ایران براساس ژن سیتوکروم b

نوع مقاله : ژنتیک

نویسندگان

1 دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات، دانشکده محیط زیست و انرژی، گروه زیستگاه ها و تنوع زیستی

2 گروه محیط زیست، دانشکده محیط زیست و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع‌طبیعی گرگان، صندوق پستی: 487-49175

3 گروه محیط زیست، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه گیلان، صندوق پستی: 1841

چکیده

به ‌منظور بررسی ساختار و تنوع ژنتیکی روباه معمولی (Vulpes vulpes)در شمال‌ شرق ایران، 25 نمونه بافت از سه استان (خراسان رضوی، خراسان شمالی و گلستان) جمع‌آوری شد. پس از استخراج DNA، ژن سیتوکروم b توسط واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز، با استفاده از پرایمرهای اختصاصی، تکثیر و پس از خالص‌سازی و توالی‌یابی، قطعه‌ای به ‌طول 1098 جفت نوکلئوتید از این ژن برای هر نمونه ویرایش شد. سپس با تجزیه و تحلیل این قطعه در نمونه‌ها، جایگاه‌های چندشکلی، تنوع هاپلوتایپی و نوکلئوتیدی، میزان تفاوت ژنتیکی براساس آماره Fst، گسترش و پراکنش تاریخی جمعیت با سه روش شاخص راجر-هارپندینگ، آزمون تاجیما و آزمون Fu Fs محاسبه شد و درخت فیلوژنتیکی براساس منطق بیزین و هم ‌چنین شبکه هاپلوتایپی با منطق اتصال میانه رسم شد. نتایج نشان داد که 13 هاپلوتایپ متفاوت و 22 جایگاه متغیر در بین نمونه‌ها وجود دارد و تنوع هاپلوتایپی برابر با 0/88 است. مقدار آماره p<0/05)Fst) برابر با  0/6382 بود که با توجه به این مقدار و نتایج تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی، جریان ژنی قوی بین جمعیت‌ها وجود نداشته و هر جمعیت تا حدی متمایز از جمعیت‌های دیگر است. درخت فیلوژنتیکی رسم شده بیانگر این مسئله است که ساختار ژنتیکی مستقلی برای جمعیت‌های مورد بررسی، قابل تشخیص است و شبکه هاپلوتایپی رسم شده نیز این نظر را تأیید می‌کند. بر همین اساس می‌توان گفت تاریخ تکاملی روباه معمولی پیچیده بوده و الگوی پراکنش این گونه در شمال‌ شرق ایران حاصل یک فرآیند بسیار طولانی است.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Surveying the structure and genetic diversity of red foxes in the North East of Iran, based on cytochrome b gene

نویسندگان [English]

  • Jalil Imani Harsini 1
  • Hamid Reza Rezaei 2
  • Saeid NADERI Naderi 3
  • Hossein Varasteh Moradi 2
1 Islamic Azad University, Science and Research, Faculty of Environment and Energy, Department of habitats and biodiversity
2 Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Iran
3 Department of Environmental Science, Faculty of Natural Resources, the University of Guilan, Rasht, Iran
چکیده [English]

To study the genetic structure of red foxes in North East of Iran, 25 tissue samples were collected from three provinces (Razavi Khorasan, North Khorasan and Golestan). After DNA extraction, mitochondrial cyt-b gene was amplified by primers using polymerase chain reaction (PCR); then 1098 base pairs of this gene were edited for each sample after purification and sequencing processes. Then by analyzing of this partial sequence of the samples: polymorphism sites, nucleotide and haplotype diversity, the amount of genetic differentiation (using Fst index), Demographic history (using Harpending's raggedness index, Tajima and Fu Fs test) were calculated and phylogenetic tree and haplotype network were drawn by Baysian and Median joining logic in order. The results showed that there were 13 different haplotypes and 22 polymorphic sites between the samples and haplotype diversity was equal to 0.88. Fst (P<0.05) index was also equal to 0.6382 which due to this index and the results of the analysis of molecular variance (AMOVA), there is limited gene flow between populations and populations are distinct with each other to high extent. Phylogenetic tree showed that there were independent genetic structure for considered populations and drawn haplotype network was also confirmed this issue. Accordingly, it could be concluded that the red foxes would have had a complicated evolutionary history and distribution pattern of this species in the North East of Iran would be the result of a long process.

کلیدواژه‌ها [English]

  • genetic structure
  • genetic diversity
  • Cytochrome b
  • Red fox
  • North East of Iran