بررسی جهش در اینترون 2 ژن لپتین در گاوهای بومی و آمیخته گیلان به روش PCR-RFLP

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، صندوق پستی: 1841

2 گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، صندوق پستی:1841

چکیده

ژن لپتین به ‌عنوان یک ژن کاندیدا و تنظیم‌ کننده مهم در فرآیندهای مرتبط با صفات اقتصادی شناخته شده است. در این تحقیق، به منظور شناسایی چندشکلی ژن لپتین از 200 راس گاو نژاد بومی و آمیخته استان گیلان خون‌گیری شد. استخراج DNA به‌ روش نمکی و تکثیر یک قطعه‌ 522 جفت بازی این ژن توسط واکنش زنجیره ‌ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی صورت گرفت و سپس با آنزیم محدودگر BsaAI هضم و نمونه‌ ها تعیین ژنوتیپ شدند. برای جایگاه مورد مطالعه دو الگوی باندیA و B به ‌ترتیب با فراوانی 0/455 و 0/545 در گاو بومی و 0/365 و 0/635 در گاو آمیخته شناسایی شد. فراوانی‌ ژنوتیپ ‌های مشاهده شده AA، AB و BB به‌ ترتیب 0/19، 0/53 و 0/28 در گاوهای بومی و 0/14، 0/45 و 0/41 در گاوهای آمیخته به ‌دست آمد. براساس نتایج آزمون مربع‌ کای، جمعیت‌ های مورد بررسی در تعادل هاردی- واینبرگ قرار داشتند. شاخص‌های نئی و شانون، هتروزیگوتی مشاهده شده و مورد انتظار به ‌ترتیب 0/496 و 0/689، 0/53 و 0/498 در گاو بومی و 0/464 و 0/656، 0/45 و 0/466 محاسبه گردید. نتایج این مطالعه نشان داد که این ناحیه از ژنوم در گاوهای مورد مطالعه چندشکل بوده و تکنیک PCR-RFLP توانای شناسایی چندشکلی‌ ها را دارد. 

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Study of mutation in Second Intron of the bovine leptin gene in Guilan native and crossbreed cows using PCR-RFLP

نویسندگان [English]

  • Mojtaba Rezaei 1
  • Seyed Ziaeddin Mirhosseini 1
  • Seyed Hossein Hosseini Moghadam 2
  • Mohammad Ayatollahi 1
1 Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Iran. P.O.Box: 1841
2 Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Iran. P.O.Box: 1841
چکیده [English]

The leptin gene has been known as a candidate gene and a key regulator of processes that is related to economic traits. In order to study the polymorphism of Leptin gene, total blood samples were collected  randomly from 200 of native and crossbreed cows of Guilan province. DNA was extracted using salting out procedure and polymerase chain reactions (PCR) were carried out using a specific primer pairs for amplification a 522 bp fragment of leptin gene. Amplified fragment was digested by BsaAIrestriction enzyme and then samples were genotyped. For the studied locus Two patterns of A and B were identified with the frequency of 0.455 and 0.545 in native cows and 0.365 and 0.635 crossbreed cows, respectively. Three genotypes of AA, AB and BB with the frequency of 0.19, 0.53 and 0.28 in native cows and 0.14, 0.45 and 0.41 in crossbreed cows were detected, respectively. The chi-square test results showed that the studied populations was in Hardy-Weinberg equilibrium. Nei and Shanon indexes, observed and expected heterozygosities were calculated as 0.496 and 0.689, 0.53 and 0.498 in native cows and 0.464 and 0.656, 0.45 and 0.466 in crossbreed cows, respectively. The results revealed that the marker site of Leptin gene is polymorph in studied cows and the PCR-RFLP technique  has  a  great  potential  for  detection  of  such  polymorphism.

کلیدواژه‌ها [English]

  • crossbreed
  • DNA polymorphism
  • Leptin gene
  • Native Cows
  • PCR-RFLP

مراجع

  1. نظری، م .؛ رستم زاده ج.؛ رشیدی، ا.؛ عزیزی، ع. و کریمی کردستانی، ز.، 1331. ارزیابی چندشکلی ژن لپیتین و ارتباط آن با صفات شیر در گاوهای نژاد هلشتاین. پنجمین کنگره علوم دامی ایران، دانشگاه صنعتی اصفهان، 9-1 شهریور ماه، صفحات 898 تا 894.
  2. Ahani Azari, M.; Hasani, S.; Heidari, M. and Yousefi, S., 2012. Genetic polymorphism of Leptin gene using PCR-RFLP method in three different populations. Slovak Journal of Animal Science. Vol. 45, No. 2, pp: 39-42.
  3. Almeida,S.E.;Almeida,E.A.;Moraes,J.C.F. and Weimer, T., 2003. Molecular Marker in the LEP Gene and Reproductive Performance of Beef Cattle. Journal of Animal Breeding Genetic. Vol. 120, No. 2, pp: 106–110.
  4. Buchanan, F.C.; Fitzsimmons, C.J.; Van Kessel, A.G.; Thue, T.D.; Winkelman-Sim, C. and Schmutz, S.M., 2002. Association of a missense mutation in the bovine leptin gene with carcass fat content and leptin mRNA levels. Genetics Selection Evolution. Vol. 34, pp: 105-116.
  5. Buchanan, F.C.; Van Kessel,   A.G.; Waldner, C.; Christensen, D.A.; Laarveld, B. and Schmutz, S.M., 2003. Hot topic: An association between a leptin single nucleotide polymorphism and milk and protein yield. Journal of Dairy Science. Vol. 86, No. 10, pp: 3164-6613.
  6. Choudhary, V.; Kumar, P.; Bhattacharya, T.K.;Bhushan,B.andSharma,A.,2005. DNA polymorphism of leptin gene in Bos indicus and Bos taurus cattle. Genetics and Molecular Biology. Vol. 28, No. 4, pp: 740-742.
  7. Gelderman, H., 1997. Investigations on inheritance oof quantitative characters in animals by gene markers. Methods theor. Applied genetic. Vol. 46, pp: 319-.033
  8. Hamann, A. and Mattaei, S., 1996. Regulation of energy balance by leptin. Experimental and Clinical Endocrinology and Diabetes. Vol. 104, pp: 293-300.
  9. Houseknecht, K.L.; Baile, C.A.; Matteri, R.L. and Spurlock, M.E., 1998. The biology of leptin: A review. Journal of Animal Science. Vol. 76, pp: 1405–1420.
  10. Israel, C. and Weller, J.I., 2002. Estimation of quantitative trait loci effects in dairy cattle populations. Journal of Dairy Science. Vol. 85, pp: 1285–1297.
  11. Javanmard, A.; Asadzadeh, N.; Banabazi, M.H. and Tavakolian, J., 2005. The allele and genotype frequencies of bovine pituitary specific transcription factor and leptin genes in Iranian cattle and buffalo populations using PCR-RFLP. Iranian Journal of Biotechnology. Vol. 3, No. 2, pp: 104-108.
  12. Javanrouh, A.; Banabazi, M.H.; Esmaeilkhanian, S.; Amirinia, C.; Seyedabadi, H.R. and Emrani, H., 2006. Optimization on salting out method for DNA extraction from animal and poultry blood cells. The 57th Annual Meeting of the European Association for Animal Production. Antalya, Turkey.
  13. Kononoff, P.J.; Deobald, H.M.; Stewart, E.L.; Laycock, A.D. and Marquess, F.L., 2005. The effect of a leptin single nucleotide polymorphism on quality grade, yield grade and carcass weight of beef cattle. Journal of Animal Science. Vol. 83, pp: 927-932.
  14. Liefers, S.C.; Te Pas, M.F.; Veerkamp, R.F. and Van der Lende, T., 2002. Associations between leptin gene polymorphisms and production, live weight, energy balance, feed intake, and fertility in Holstein heifers. Journal of Dairy Science. Vol. 85, No. 6, pp: 1633-1638.
  15. Liefers, S.C.; Veerkamp, R.F.; Te pas, M.F.; Chilliard, Y. and Van der lende, T., .5002 Genetics and physiology of Leptin in periparturient dairy cows. Domestic Animal Endocrinology. Vol. 29, pp: 227-238.
  16. Lien, S.; Sundvold, H.; Klungland, H. and Vage, D.I., 1997. Two novel polymorphisms in the bovine obesity gene (OBS). Animal Genetic. Vol. 28, pp: 54
  17. Ott, J., 2001. Program HWE Version 1.80. Utility programs for analysis of genetic linkage. Rockefeller University. New York, NY, USA.
  18. Pfister-Geneskow, M.; Hayes, H.; Eggen, A. and Bishop, M.D., 1996. Chromosal location of bovine obesity gene. Mammalian Genome. Vol. 7, 398 p.
  19. Schenkel, F.S.; Miller, S.P.; Ye, X.; Moore, S.S.; Nkrumah, J.D.; Li, C.; Yu, J.; Mandell, I.B.; Wilton, J.W. and Williams, J.L., 2005. Association of single nucleotide polymorphisms in the leptin gene with carcass and meat quality traits of beef cattle. Journal of Animal Science. Vol. 83, pp: 2009-2020.
  20. Yeh, F.; Yang, R.; Boyle, T.; Ye, Z. and Mao, J.X., 2000. Pop Gene, the user-friendly computer freeware for the analysis of genetic variation among and within populations using co-dominant and dominant markers. Molecular Biology and Biotechnology Center. University of Alberta.

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار